Kilęs iš vieno seniausių pokario Lietuvoje –“Bangos” sporto klubo. Savarankiškai veikia nuo 1993 metų.
“Bangos” vardu yra triskart iš eilės – 1989, 1990, 1991m. tapęs šalies čempionu, daugelio pirmenybių prizininku. 1992m. buvo iškovojęs teisę dalyvauti Europos klubų taurės varžybose.
Po reorganizacijos pagrindine “Margirio” veiklos kryptimi tapo kompiuteriniai šachmatai. Po kurio laiko šiuolaikinė darbo metodika ėmė duoti pirmuosius vaisius: Lietuvos čempionu 1996m. tapo Vytautas Šlapikas, klubo specializuotomis programomis, žiniatinklio informacija naudojosi tarptautinis didmeistris, olimpietis Šarūnas Šulskis, VI vietos laimėtoja Europos mergaičių čempionate Salomėja Zaksaitė.
Kuomet klubą pradėjo remti Lietuvos chemijos pramonės gigantas – AB “LIFOSA”, “Margirio” vyrų klubinė komanda 1998m. Europos klubų taurės pogrupio varžybose Gožuve (Lenkija) užėmė IV vietą, o 1999m. Paidėje (Estija) –V-ą. 1999m. Europoje debiutavo klubo moterys, jos Nova Goricoje (Slovėnija) vykusiame čempionate užėmė XI vietą.
Klubo branduolį sudaro aistringi Kauno ir jo apskrities šachmatų mėgėjai, kurių priekyje –“Margirio” įkūrėjas ir ilgametis vadovas,8 kartus Lietuvos vyrų čempionas, Pasaulio senjorų eksčempionas (2007m.) Algimantas Butnorius. Daugiau nei dešimtmetį profesinio tobulinimosi uostu ir nuolatine treniruočių baze klubas yra tapęs 5 kartus Lietuvos čempionui, daugkartiniam tarptautinių turnyrų nugalėtojui ir prizininkui Šarūnui Šulskiui, tarpt. meistrui jonaviečiui Aidui Labuckui ir kitiems kiek žemesnės kvalifikacijos Kauno šachmatų mylėtojams.Klubo vykdomuose įvairaus žanro ir laiko ritmo šachmatų turnyruose teisėjavimo kvalifikacinius įgūdžius vystė FIDE arbitras Valerijus Jegorovas, nacionalinės kategorijos teisėjai Jonas Ridzvanavičius ir Algirdas Rauduvė. Su pastarojo vardu susijusi ženkli “Margirio” pažanga, pritaikant šiuolaikines informacines technologijas kokybiškai klasikinių ir korespondencinių šachmatų analizei. “Margirio” korespondencinių šachmatų komanda ne sykį sėkmingai dalyvavo aukščiausio lygio Europos ir Pasaulio klubinėse pirmenybėse .
Daug dėmesio klubas skiria jaunosios kartos lavinimui, pratyboms, skatindamas nuolatinį miesto jaunuomenės mąstymą bei aktyvų žinių siekimą. Pedagoginiame klubo procese kvalifikacija bei didele darbo su jaunimu patirtimi išsiskiria kėdainietis treneris FM Laimutis Šolys, išugdęs Š.Šulskį didmeistriu ir Lietuvos rinktinės olimpiečiu. Išsamiomis L.Šolio šachmatinio pasirengimo konsultacijomis, psichologinėmis ir analitinėmis žaidimo proceso įžvalgomis Š.Šulskis noriai naudojasi iki šiol.
Aktyvi intelektualinė švietėjiška “Margirio” veikla, įtraukianti eilę tarptautinių varžybų ir klubinių pasirodymų, nebūtų įmanoma be komercinių organizacijų supratimo ir palaikymo. Įvairiais klubo gyvavimo laikotarpiais jį rėmė IBM atstovybė Lietuvoje, valstybinė bendrovė “Stumbras”, UAB “Agava”, “Toyota”, “Omnitel”, Ūkio bankas, UAB “Milsa” ir kitos ūkio įmonės.
Rasdamas ūkinę paramą tarp miesto šviesuomenės savo vykdomoms sportinių rezultatų siekimo ir taurios, garbingos kovos idealų programoms, “Margiris” 2008m. pelnė Lietuvos šachmatų klubinės lygos (LŠL) bronzą, 2009m. –sidabrą, o tų pačių metų pabaigoje, po ilgokos pertraukos išvykęs į Europos klubų taurės varžybas Makedonijos Ochrido mieste, užėmė ten aukštą 13-ąją vietą tarp pajėgiausiųjų 54 Europos klubų, ženkliai palikdamas užnugaryje 36-ąją vietą užėmusį 2009 metų LŠL čempioną Vilniaus VŠBK klubą.
“Margirio” klubo šachmatų tinklalapis pasauliniame žiniatinklyje visų pirma skirtas lietuviškai kalbantiems Lietuvos ir išeivijos karališkojo žaidimo gerbėjams bei asmenims, trokštantiems daugiau sužinoti apie šachmatų istoriją, visuomeninę svarbą, žaidime užšifruotas intelektualinio ir dorovinio lavinimosi prielaidas bei galimybes. Sunkiai beįžvelgiamomis sąsajomis ir plonyčiais istoriniais siūlais susijęs su tarpukario Laikinosios sostinės kavinių šachmatų tradicija, Nepriklausomos Lietuvos šachmatų sąjungos Kaune  įkūrimu 1929m., pirmosiomis Lietuvos rinktinės išvykomis į Pasaulio šachmatų olimpiadas, “Margiris” tęsia šlovingą šachmatų tradiciją, tapusią neatsiejama miesto kultūrinės įvairovės, jaunimo dvasinės brandos siekio ir saviraiškos dalimi. Politinės ar socialinės sumaišties, ekonomikos nepriteklių ar suirutės laikotarpiu “Margiris” išlieka savimi pačiu – teigiamą mąstymą ir taurios kovos estetiką propaguojančiu, savarankiškai mąstyti ir išeitis kebliausiomis aplinkybėmis rasti skatinančiu klubu, atviru visiems miesto šachmatų mylėtojams.
Klubas įsikūręs Lietuvos karininkų ramovėje, adresu Kaunas, Mickevičiaus g. 19, 326 kamb., tel. 324 091.

  1.e4 d6 2.d4 Žf6 3.Žc3 g6 4.Žf3 Rg7 5.Re3 0-0 6.Vd2 Žg4 7.Rg5 h6 8.Rh4 Kh7 9.h3 Žf6 10.Rd3 Žc6 11.0-0-0 a6 12.e5 dxe5 13.dxe5 Žd7 14.Rg3 e6 15.Ve3 Ve7 16.Bhe1 b5 17.Rh4 Vb4 18.Re4 Ždxe5 19.Žxe5 Žxe5 20.Bd4 Žc4 21.Bxc4 Vxc4 22.Rxa8 Vxh4 23.Že4 f5 24.Vg3 Vxg3 25.Žxg3 e5 26.Rc6 Bf6 27.Rd5 Bd6 28.Rb3 Rb7