Kilęs iš vieno seniausių pokario Lietuvoje –“Bangos” sporto klubo. Savarankiškai veikia nuo 1993 metų.
“Bangos” vardu yra triskart iš eilės – 1989, 1990, 1991m. tapęs šalies čempionu, daugelio pirmenybių prizininku.
Oficialiai Kauno miesto savivaldybė įregistravo Kauno šachmatų klubą „Margiris” 1997 metų balandžio 30d. potvarkiu Nr. 185.

Klubo „Margiris” pirmininko pareigas daugiau nei 2 dešimtmečius iki pat mirties ėjo 8 kartus Lietuvos šachmatų čempionas, Pasaulio senjorų čempionas, tarptautinis didmeistris Algimantas Butnorius (1946-2017). Tarp daugybės jo pergalių šalies ir tarptautinėje arenoje išsiskiria Pasaulio senjorų čempiono titulas, iškovotas 2007 metais Gmiundene, Austrija. Jo pirmininkavimo klubui laikotarpis išsiskiria šiltais santykiais su Lietuvos kariuomene, kuomet daugelis populiarių šachmatų varžybų – tiek regioninių, tiek tarptautinių vyko Kauno Įgulos karininkų ramovės istorinėje Aktų salėje.
Kiti žinomi klubę besitreniravę sportininkai – tarptautinis didmeistris Šarūnas Šulskis, 8 kartus Lietuvos čempionas, daugkartinis Lietuvos olimpinės rinktinės narys, einantis ŠK „Margiris” pirmininko pareigas nuo 2019m. Tarptautinė moterų didmeistrė (WGM) Salomėja Zaksaitė, 2 kartus Lietuvos moterų čempionė, Lietuvos olimpinės moterų rinktinės narė, FIDE „Fair play” komisijos pirmininkė. Tarptautiniai didmeistriai Tomas Laurušas, Titas Stremavičius, Lietuvos olimpinės rinktinės atstovai, savo sportinį kelią pradėjo „Margiryje”. Ypatingu lojalumu klubui pasižymėjo tarptautinis meistras iš Jonavos Aidas Labuckas (1968-2013), daugelį metui  atstovavęs klubui tiek šalies, tiek tarptautinėje arenoje, daugkartinis Lietuvos vyrų čempionatų dalyvis.

Daug dėmesio klubas skiria jaunosios kartos lavinimui, pratyboms, skatindamas nuolatinį miesto jaunuomenės mąstymą bei aktyvų žinių siekimą. Pedagoginiame klubo procese kvalifikacija bei didele darbo su jaunimu patirtimi išsiskiria treneris FM Laimutis Šolys, išugdęs daug auklėtinių „Margirio” atstovavimui tiek klubo vyrų, tiek moterų komandose. Pabrėžtinas ir kvalifikuotų ŠK „Margiris” korpuso arbitrų – Valerijaus Jegorovo (1951-2015), Algirdo Rauduvės, Jono Ridzvanavičiaus indėlis, teisėjaujant svarbioms klubo vykdomoms varžyboms, pritraukiančioms ne tik Kauno, bet ir visos Lietuvos šachmatininkus.
„Margirio” vyrų komanda ne sykį yra iškovojusi įvairios prabos medalius Lietuvos klubų pirmenybėse. Klubas gali didžiuotis 5 kartus iš eilės (2010-2014m.) pelnęs aukso medalius Lietuvos klubų šachmatų lygoje. „Margirio” moterų komanda taip pat ne vieną sykį yra pelniusi Lietuvos moterų šachmatų lygos (LMŠL) medalius. 2017m. „Margirio” merginos iškovojo LMŠL auksą.
Klubo veikla ir varžybos, suprantama, neapribotos vien Lietuvos teritorija. 2009 metais „Margiris” pasižymėjo Europos klubų taurės varžybose Ochride (Makedonija), užėmęs ten aukštą 13-ąją vietą tarp pajėgiausiųjų 54 Europos klubų, ženkliai palikdamas užnugaryje 36-ąją vietą užėmusį 2009 metų LŠL čempioną Vilniaus VŠBK klubą. Klubas atstovavo šaliai Europos klubų taurėje ir vėliau – 2010m. Plovdivas, 2014m. Bilbao ir pan.
Sunkiai beįžvelgiamomis sąsajomis ir plonyčiais istoriniais siūlais susijęs su tarpukario Laikinosios sostinės kavinių šachmatų tradicija, Nepriklausomos Lietuvos šachmatų sąjungos Kaune  įkūrimu 1929m., pirmosiomis Lietuvos rinktinės išvykomis į Pasaulio šachmatų olimpiadas iš Kauno, “Margiris” tęsia šlovingą šachmatų tradiciją, tapusią neatsiejama miesto kultūrinės įvairovės, jaunimo intelektinės brandos siekio ir saviraiškos dalimi.