Kilęs iš vieno seniausių pokario Lietuvoje –“Bangos” sporto klubo. Savarankiškai veikia nuo 1993 metų.
“Bangos” vardu yra triskart iš eilės – 1989, 1990, 1991m. tapęs šalies čempionu, daugelio pirmenybių prizininku. 1992m. buvo iškovojęs teisę dalyvauti Europos klubų taurės varžybose.
Po reorganizacijos “Margiris” atsivėrė technologinei pažangai, stiprindamas klubo programinę –analitinę bazę. Po kurio laiko šiuolaikinė darbo metodika ėmė duoti pirmuosius vaisius: Lietuvos čempionu 1996m. tapo Vytautas Šlapikas, klubo biblioteka ir programomis plačiai naudojosi Lietuvos olimpinės šachmatų rinktinės nariai Šarūnas Šulskis ir Salomėja Zaksaitė.
Kuomet klubą pradėjo remti Lietuvos chemijos pramonės gigantas – AB “LIFOSA”, “Margirio” vyrų klubinė komanda 1998m. Europos klubų taurės pogrupio varžybose Gožuve (Lenkija) užėmė IV vietą, o 1999m. Paidėje (Estija) –V-ą. 1999m. Europoje debiutavo klubo moterys, jos Nova Goricoje (Slovėnija) vykusiose pirmenybėse užėmė XI vietą.
Klubo branduolį sudaro Kauno šachmatų mėgėjai, kurių priekyje –“Margirio” įkūrėjas ir ilgametis vadovas,8 kartus Lietuvos vyrų čempionas, Pasaulio senjorų eksčempionas (2007m.) Algimantas Butnorius. Nuo pat klubo įsikūrimo 1993 m. jis buvo nuolatine treniruočių baze 7 kartus Lietuvos čempionui, tarptautinių turnyrų nugalėtojui ir prizininkui Šarūnui Šulskiui, tarpt. meistrui jonaviečiui Aidui Labuckui ir kitiems Kauno šachmatų gerbėjams.Klubo vykdomuose įvairaus ritmo šachmatų turnyruose teisėjavimo kvalifikacinius įgūdžius vystė FIDE arbitras Valerijus Jegorovas, nacionalinės kategorijos teisėjai Jonas Ridzvanavičius ir Algirdas Rauduvė. Su pastarojo vardu susijusi ženkli “Margirio” pažanga, pritaikant šiuolaikines informacines technologijas kokybiškai korespondencinių šachmatų analizei. “Margirio” korespondencinių šachmatų komanda ne sykį sėkmingai dalyvavo aukščiausio lygio Europos ir Pasaulio klubinėse pirmenybėse .
Daug dėmesio klubas skiria jaunosios kartos lavinimui, pratyboms, skatindamas nuolatinį miesto jaunuomenės mąstymą bei aktyvų žinių siekimą. Pedagoginėje klubo veikloje kvalifikacija bei didele darbo su jaunimu patirtimi išsiskiria kėdainietis treneris FM Laimutis Šolys, išugdęs Kauno moksleivius Tomą Laurušą ir Titą Stremavičių Europos jaunimo greitųjų šachmatų čempionato nugalėtojais ir prizininkais, kandidatais į Lietuvos suaugusiųjų rinktinę.
Aktyvi intelektualinė švietėjiška “Margirio” veikla, įtraukianti vietinių ir tarptautinių varžybų vykdymą, būtų sunkiai įmanoma be supratingo Lietuvos kariuomenės palaikymo. Vykdant ilgametį vaisingą bendradarbiavimą su karišku Brg. Gen. A.Gustaičio šachmatų klubu, „Margiriui“ patikėta naudotis patalpomis istorinėje Kauno įgulos karininkų ramovėje pačiame miesto centre. 2011 m. „Margiris“ padėjo Lietuvos kariuomenei įvykdyti 22-ąsias NATO šachmatų pirmenybes, kuriose varžėsi 15 NATO šalių kariškiai.
Amžių sandūroje Lietuvos sportui iš lėto stojantis ant kojų po ekonominės-struktūrinės pertvarkos, ėmė ryškėti „Margirio“ pranašumas šalies klubinėje arenoje.Nuo 2010 iki 2014 m. „Margirio“ vyrų komanda 5 kartus iš eilės tapo Lietuvos klubinių pirmenybių (LŠL) čempione.

Prisiėmęs pilietinę atsakomybę būti Lietuvos šachmatų veidu Europoje, „Margiris“ siuntė komandą į Europos klubų taurės varžybas 2009 m. Ochride,  2010 m. Plovdive, 2014m. Bilbao. Čia „Margiris“ įtvirtino pažangaus Europos klubo reputaciją, nuolat užimdamas vietą aukštesnėje lentelės pusėje. Iškalbingas Kauno klubo pasirodymas 2009 m. Ochride, kur tarp 54 pajėgiausių Europos klubų „Margiris“ užėmė 13-ą vietą. Sportinių tikslų siekti klubui yra padėję po „Margirio“ vėliava žaidę legionieriai iš Latvijos, Lenkijos, Estijos.

Neatsiejamais istoriniais saitais susijęs su Nepriklausomos Lietuvos šachmatų sąjungos Kaune  įkūrimu 1929m., talpinančiai savyje Laikinosios sostinės kavinių šachmatų tradiciją, pirmąsias Lietuvos rinktinės išvykas į tarpukario Pasaulio šachmatų olimpiadas, “Margiris” tęsia šlovingą Kauno šachmatų tradiciją, tapusią neatsiejama miesto kultūrinės įvairovės, jaunimo tobulėjimo ir saviraiškos dalimi. Nepriklausomai nuo socialinių ar ekonominių aplinkybių “Margiris” išlieka savimi pačiu – savarankišką mąstymą ir garbingos kovos idealus propaguojančiu klubu, atviru miesto šachmatų mėgėjams.
Klubas įsikūręs Kauno įgulos karininkų ramovėje adresu Kaunas, Mickevičiaus g. 19, 326 kab., tel. 8-37-324091.